С переходом Южного Сахалина и Курильских островов под суверенитет СССР возникла проблема репатриации японских граждан с этой территории. На первом этапе репатриации, с октября 1946 по май 1948 года, в Японию выехало подавляющее большинство японцев, а также айнов и некоторое количество корейцев, имевших японское гражданство. Всего за этот период выехало с Сахалина и Курильских 357 тыс. японских граждан.

Репатриация поставила сахалинские власти в сложные условия. Несмотря на последствия войны, экономика области работала более или менее устойчиво. Начиная с 1946 года, правительство установило для области плановые объемы добычи угля и рыбы, по заготовке древесины, выработке целлюлозы и бумаги, производству сельскохозяйственной продукции и т.д. Понятно, что репатриация отнимала рабочую силу как раз в то время, когда советские переселенцы только начинали прибывать и им еще предстояло освоиться в непривычных условиях Сахалина. Острая нехватка рабочих и специалистов сказывалась на многих предприятиях. Например, в 1947 году руководители "Сахалинбумпрома" просили обком ВКП(б) и облисполком пересмотреть количество и график репатриации своих рабочих, поскольку это "вызовет полную остановку всех предприятий треста из-за отсутствия рабочей силы. Такая же ситуация складывалось и в других отраслях.

Но и после 1948 года на Сахалине оставалось небольшое количество лиц японской национальности. Некоторые из них в последующие годы приняли советское гражданство. Как правило, выезд для этих японцев затруднялся семейными обстоятельствами, в связи "с невозможностью выезда лиц корейской национальности, состоящих в браках с японцами.